Nikolaja se nahaja v zgodovinskem četrtletju, ki nosi ime svetega Nikolaja, in je najstarejša cerkev stavba v Berlinu. Njena gradnja sega v letih 1220-1230, v času, ko je bila cerkev, ki se nahaja v bližini križišča reke Spree s trgovinsko zemljišč poti in imeli nekakšno triladijska križno bazilike.

V 13. stoletju, v okviru prestrukturiranja, je postala pletenje gotska cerkev. V 15. stoletju se je zdelo oltar po naročilu ceh pekov v Berlinu. Ta bogati razred plačuje najemnino za cerkvene uslužbenca, ki je zelo obsežna finančna podpora. Videz cerkve se je do konca 19. stoletja je ostal nespremenjen.

Major obnova cerkve je bila izvedena za dve leti in je bila končana leta 1878 (management delo poteka Hermann Blankenstein). Med obnovo fasade cerkve je bila obnovljena v neo-gotskem slogu, je imel drugi stolp, simetrična trenutno.

Od leta 1938, je cerkev v lasti države, in nekatera umetniška dela so bila prenesena na Marienkirche, kjer se jih na ta dan. Od takrat so bile mise prekiniti.

Med drugo svetovno vojno je bila cerkev močno poškodovana, vendar so zunanje stene stavb stal. Obnova je bila izvedena na podlagi starih načrtov in risb od leta 1981. V tem obdobju se je zvonik sv Nicholas uveljavljen zvončki carillon sestavljen iz 41 zvonov.

Danes Cerkev je stalna muzejska razstava - Brandenburg veja muzeju pripoveduje o zgodovini cerkve in sorodnih zgodovinskih osebnosti. Tukaj si lahko ogledate Krstilni iz brona, ki datira iz 1398 leta, oltar, prižnico v baročnem slogu. Notranjost odlikuje odlična akustika, zato se uporablja kot organa glasbe v koncertni dvorani (v cerkvi so trije operativni organ).