Gradnja nove stavbe samostana Santa Clara v Coimbra se je začela leta 1649. Stari samostan, zgrajen ob koncu XIII stoletju, je bila uničena, zato so se odločili za gradnjo nove stavbe za nune Reda Santa Clara.

Projekt je razvil benediktinski menih samostana in v kraljevi arhitekt João Turriano, zadolžen za gradnjo kraljeve arhitekta Mateus do Couto. New Gradnja je trajala dovolj dolgo. Leta 1677 nova stavba samostana, ki je postal znan kot samostana Santa Clara-a-Nova, odpeljal nune. Leta 1696 je bila posvečena cerkev.

Glavni portal samostanske cerkve je okrašena s kraljevsko grbom, ki je podprta z dvema angeli. Notranjost cerkve je v baročnem stilu. Cerkev je ena ladja, transept manjka. V stranski kapeli in glavna kapela je okrašena s 14 oltarne v XVII stoletja v stilu "Talya Dorado" - oltarne uokvirjene v izrezljan in pozlačen lesa. Poleg tega je bil nov samostan preselil grobnico z ostanki kraljice Izabele Portugalske, ustanovitelj samostana. Po smrti svojega moža, kralja Dinis, je kraljica v Coimbra samostanu Santa Clara do svoje smrti, in bil tam pokopan. Zato je med domačini je ta samostan imenuje samostan kraljica Isabella. Grobnica s pepelom, izdelana iz srebra in kristalov, ki se nahaja v bližini glavnega oltarja cerkve. Pred cerkvijo stoji spomenik kraljice Izabele, ki ga je kipar Antonio Teixeira Lopes v XIX.

Leta 1733 v samostanu samostani so bili zgrajeni v renesančnem slogu. Konstrukcija teh galerij, zadolženih za madžarskega arhitekta Carlos Mardel.