Gradnja samostana Ninna-ji se je začela leta 886, eno cesarja - Kёkё in zaključili dve leti po smrti drugega predhodnika - Uda. Po odpovedovanje cesarja Uda bil tonsured menih in odšel. Zaradi dejstva, da je upokojeni cesar živel do konca svojih dni, samostan je bil neformalni naziv "Old Imperial Palace Omura." Uradno ime Ninna-ji prevaja kot "samostanski human harmoniji."

Od ustanovitve templja, in dokler v drugi polovici opat v XIX stoletja samostana postal sinove cesarjev, ki so se meniško zaobljube na pobudo svojih očetov.

Samostan je vzel na test trikrat, požar: ogenj, v 1119 kompleksu je izgubil večino svojih stavb, in v nemirnih časih Onin (1467-1477 let) na svojem mestu ostal le pepel. Obnovljena je bila šele v XVII stoletju, in še to ne v celoti. Samo kako velik je bil samostan lastništva, glede na postavitev 88 romarske templji nekoč stala na njenem ozemlju, ki so določeni za vrt. Leta 1887, del stavbe zažgal Ninna-ji, vendar je obnova začela šele po več kot dveh desetletjih.

Danes, Ninna-ji je glavni samostan v Shingon budistične sekte, Omura in Ukyo se nahaja v stari japonski prestolnici. Glavni svetišče Ninna-ji - kip Bude Amida. Glavni tempelj Ninna-ji samostana je UNESCO svetovne dediščine, in nekatere od svojih stavb in zanimivosti, shranjenih v njem ima status nacionalne dediščine na Japonskem - zlasti Stanovanje - glavna dvorana templja, lesena podoba Bude slike na svilo boštvom Kudzyaku in drugih. Notranjost templja je okrašena z edinstvenimi platna in druge umetnine.

Območje tempelj kompleks je razdeljen v več visokimi stenami. V jugozahodnem delu ribnika in tam so paviljoni, ki hranijo zaklade in starodavne umetnine. Na severu je glavna dvorana Condo, pet-stopenjski pagoda in češnja sadovnjak, kjer že vrsto let gojijo češnje sorte Omura ki cveti po vseh. Cerkev je šola Ikebana Omura.