Katoliška cerkev San Francisca se nahaja v centru La Serena. Cerkev je struktura koncu stoletja XVI.

Leta 1563, v La Serena naselili frančiškani. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda zgrajena na tem mestu kapelo Adobe. Na začetku leta 1585 Fray Francisco Medina in Juan Francisco Roman Carbury smo začeli z gradnjo sedanjega cerkvene stavbe apnenca v italijanskem renesančnem slogu. Debelina stene stavbe dosegel 1, 20 m. Konstrukcija je težko in drago, ker je apnenec vložena iz Penyulas Alto in iz gozdov ovalne oblike. Cerkev svetega Frančiška je bil prvi kamen cerkev La Serena in je bila posvečena na božični dan 1627 v imenu Marije dobrega upanja.

V XVII stoletju je mesto La Serena utrpela številne napade Corsairs. Med invazijo mesta piratov, ki jih Anglež Jerneja Sharpe vodstvom leta 1680, se je večina mesta uničena, poleg cerkve San Franciscu. Potres leta 1730 je cerkev stavba skoraj ni bila poškodovana, razen strehe, obnova, ki je bila končana šele leta 1755. Leta 1735 je bila cerkev odprla samostan in kolegij za usposabljanje menihe. Delal je do naslednjega uničujočem potresu leta 1796, v katerem delu stolpa propadel in pustil za gradnjo cerkve in samostana niso primerni za storitev. Leta 1823 so se frančiškani izgnali in njihovo premoženje zapleni.

V prvi polovici XIX stoletja, v povezavi z odkritjem rudarstvu bakra v samostanu začel delati Mint Coquimbo, vendar ta projekt je bila kratkotrajna. Z 1840 je bila struktura samostana uporablja kot vojašnice. V bojih pri obleganju La Serena v 1851, je bila cerkev stolp močno poškodovana. Leta 1858 je bila stavba ponovno obnovljena frančiškani.

Leta 1878 je cerkev doživela številne spremembe: več nadstropjih so bile porušene, cerkev začela sestavljajo tri ladje, ločenih z arkadami, je bila fasada spremenilo, so bili trije uravnoteženi vhodi v neorenesančnem slogu. Obnovljena cerkev je bila odprta 1. oktober 1899.

Leta 1913 je bil stolp in štukature fasada cerkve v času potresa spet uničeni. Leta 1923 je zgradil nov cerkveni stolp, tokrat iz armiranega betona. Leta 1975, po močan potres, zaradi zelo slabega stanja stavbe moral zapreti cerkev. Leta 1977 je odprl vhodna polovico cerkve za vernike v preostalem delu stavbe še naprej izvajajo obnovitvena dela na obnovi prvotne vrhu stolpa, sten in stropov, ki je obstajala do sredine XIX. V zakristiji je odprl muzej sakralne umetnosti in cerkveni ploščo.

Cerkev San Franciscu, je bil razglašen za nacionalni spomenik Čilu leta 1977.