Cerkev San Sebastian se nahaja na vrhu hriba, blizu ribjo tržnico, v severnem delu starega mesta Lagos. Od tej lokaciji ponuja čudovit panoramski razgled na zaliv. Cerkev velja za eno najstarejših in najlepših cerkva v mestu.

Še preden je bila zgrajena cerkev na tem mestu leta 1325 je bila kapela Brezmadežnega spočetja Blažene Device Marije. Leta 1463, je škof João de Mello narediti, da na tem mestu je bila zgrajena cerkev. Leta 1490, po ukazu kralja Portugalske, Don João II, smo ponovno izvedli obnovitvena dela, in cerkev je bila podaljšana. Po tem, je bila cerkev posvečena kot cerkev San Sebastian (cerkev svetega Boštjana). Na žalost, kot se je zgodilo s številnimi zgodovinskimi stavbami na Portugalskem, cerkev je bila skoraj v Lizboni potresu leta 1755 uničena. Cerkev je bila obnovljena, in dve stoletji kasneje, je bila cerkev spet uničil potres, ki je nastal leta 1969. Sčasoma je bila cerkev ponovno obnovljena.

V notranjosti cerkve tremi ladjami, ločenih z stebrov. Prvotni glavni oltar cerkve sega v XVI stoletju. Oltar je sestavljena iz štirih panelov. Pričakovati je, da te plošče nastala ena najbolj znanih umetnikov Algarve v XVI stoletju Alvaro Dias. V cerkvi hranijo staro načrt mesta. Leta 1828 je cerkev ima stolp z zvonom.

Leta 1924 je bila cerkev San Sebastian naveden kot spomenik državnega pomena.