Pravoslavna cerkev svetega Nikolaja je bila ustanovljena v Lyonu s predstavniki ruske skupnosti, ki se je preselila v Francijo po 1917 revolucije.

Prva cerkev, je bila ustanovljena leta 1928, nahaja v leseni hiši na ulici Drum. Ime je dobil po slavnem svetnika, kakor tudi spomin na strel skupaj z družino cesarja Nikolaja II. Prvi rektor je bil oče Victor (Puškin), nekdanji polka duhovnik.

Leta 1937, je tempelj verjetno zaradi požiga, zgorela v celoti. Njegovo okrevanje začelo le dve leti kasneje - za gradnjo kamnite stavbe izbrano novo lokacijo na Rue Saint-Genevieve. Temple ustvaril projekt izseljenec Sergey Bazdereva. Gradnja cerkve je bila izvedena rektor in župljani zbrali na donacije, je delo potekalo v večernih urah in ob vikendih, tako da je gradnja nadaljevala zelo počasi. Tudi med drugo svetovno vojno, kljub bombardiranja in pomanjkanja sredstev, se delo nadaljuje. In Notranjost templja je nadaljevala tudi po vojni. Posvetitev cerkve je potekala v maju 1946.

Leta 1970, v cerkvi, ko je bil popravljen zlom stropa. Proti koncu prejšnjega stoletja, okoli cerkve do soseske, in ko je poleg njega bil odprt postaje podzemne železnice, je število vernikov povečalo. Ena izmed ikon cerkev, posvečena sv Ireneja - škof Lyonu so mučeniško za svoje vere v 202 letu.

Nikolaja v Lyonu bogato dekoracijo je drugačno in izvirno arhitekturo, vendar pa se imenuje spomenik prvega vala izseljevanja in simbol ljubezni pravoslavne vere.

V Lyonu, obstajajo tudi druge ruske pravoslavne cerkve - na primer, cerkev sv Janeza ruski.