Nagasaki pojavil ob koncu stoletja XVI kot majhno pristanišče vasi, nato pa je postal mesto, ki je v naslednjih stoletjih in pol edino pristanišče odprta za mednarodno trgovino. Do konca XVII stoletja Nagasaki je postal eden od največjih japonskih misijonskih središč, zdaj pa je dom največje krščanske skupnosti v državi.

To in druga dejstva iz zgodovine mesta je mogoče najti na spletni strani muzeja zgodovine in kulture Nagasaki. To je bil odprt leta 2005 v nekdanji prebivališča nadzorom Nagasaki. Ta stavba spada med stavbe srednjeveškega obdobja, je doživel popolno prenovo. Med drugo svetovno vojno, ta stavba je sedež zračne obrambe Nagasaki. V air-raid zavetje, ki se je nahajal v zahodnem delu stavbe v času atomske bombe z meščani zatekli.

Muzejska zbirka obsega več kot 48.000 predmetov, vključno z dokumenti, del umetnosti in obrti, kot tudi postavke, prinesel na Japonsko tujih trgovcev. Razstava muzeja v veliki meri posvečen na temo mednarodnih odnosov in stikov z drugimi državami, na Japonskem v času njene izolacije, ki zajema XVII k XIX. Še posebej, stalna razstava predstavlja eksponatov prinesel iz Nizozemske, Kitajske in Koreje. V muzeju si lahko tudi dobili idejo tako imenovane kulture ali kulture Nanban "Southern barbari" - priseljenci iz Portugalske in Španije. Prav tako je del zbirke muzeja, namenjenih za uvajanje in širjenje krščanstva.

Prostor muzeja je razdeljen na tri dele, eden od njih je dodeljenih za to temo in vsebuje Nagasaki sodnik rekonstrukcijo življenja uradnikov srednjega veka. Drugi dve deli so namenjena za zgodovinske kulture in sodobne življenjske Nagasaki - na kraju mesta v gospodarstvu in javnem življenju v državi, je vodja.