V japonski zgodovini je bil čas, ko so vladarji prednost širjenje krščanstva, in obdobja, ko prinesli iz čezmorskih doktrine izkazali v nemilost, in njegovi privrženci so bili preganjani. V XV in XVI stoletja, krščanstvo hitro razširil na otokih arhipelaga, ampak na koncu stoletja XVI je bila prepovedana, in ljudje Japonske jo vadili na skrivaj. Prebivalci Nagasaki so vsako leto prisiljeni dokazati, da niso kristjani. V ta namen so na voljo, da bi zavračala podobo Jezusa Kristusa in Matere Božje, in ta ritual storiti, so morali opraviti do sredine XIX. Na splošno je bilo krščanstvo prepovedana na Japonskem, ki ga toliko kot dve in pol stoletja, v tem času je bilo usmrčenih, mučili ali deportirali na tisoče ljudi, ki izpoveduje vero.

5. februar 1597 v Nagasaki so javno usmrtili na misijonarsko delo 26 ljudi, med katerimi je bilo 20 so japonski, štirje Španci, kot tudi mehiške in indijski. S sklepom takrat vladajoči Shogun Toyotomi Hideyoshi aretirali kristjani so jih mučili, nato pa dal v Nagasaki in je bil križan na križu postavili na hribu Nisidzaka. Po izvedba žrtev postali mučeniki kot svetniki brati in jim priznavajo različne zabave. Sto let po kanonizaciji leta 1962 na hribu odprli spomenik in muzej. 6. februar Katoliška cerkev na Japonskem praznuje svoj spomin.

Muzej vsebuje pomembne zgodovinske dokumente prinesel iz Evrope in sestavljene na Japonskem, artwork obdobju zgodnjega krščanstva na Japonskem. Razstava kronološko seznaniti obiskovalce z obdobjem zgodnjega krščanstva, na trenutke preganjanja kristjanov in življenja tajnih katoličanov v obdobju self-izolacije države.

Trenutno krščanstvo je tretji od glavnih religij na Japonskem po budizmu in Šinto. Na začetku XXI stoletja, je bilo približno 2, 5 milijonov kristjanov, večinoma katoličani.