Cerkev Marije Magdalene se nahaja v okrožju Södermalm. Zgodovina cerkve sega v 1350-letnika, ko je kralj Magnus Eriksson z dovoljenjem papeža Klementa VI zgradili kapelo in jo posvečenih Mariji Magdaleni. Zunanji izgled objekta teh letih slabo dokumentirani, in le obstajali bakrorez prikazuje kapelo kot majhno stavbo z velikim stolpom, prelito z koničastim zvonikom.

Na začetku 1520s osvobojena Gustav Vasa v Stockholmu, in njegovi vojaki s Peder Fredagom čelu utaborili v kapeli, vendar so utrpeli hude izgube, ko je danska vojska Christian II so jih napadli iz mesta. Ta dogodek bi lahko bil eden od glavnih razlogov, zakaj je Gustav Vasa uničili vse cerkve, samostane in kapel, ki obkrožajo mesto, po uvedbi protestantizma leta 1527, vključno s kapelo Marije Magdalene. Vendar pa je njegov sin, kralj John III, se je začela z gradnjo nove cerkve na mestu kapele v 1588. Vendar pa je njegova smrt leta 1592 je prekinil teku gradbena dela, in cerkev je ostala nedokončana do 1634.

Arhitekti Nikodem Tessin starejši in Tessin Jr. prevzel nadaljnjo gradnjo in zgrajena baročna cerkev. Zvonika, kar je najlepši v Stockholmu, je bil v času požara v 1759, ki je uničil tudi 300 drugih zgradb na območju uničena. Carl Johan Cronstedt je bila naročena za obnovo cerkve, in njegov projekt je bil končan leta 1763. To je ohranila večino prvotno obliko. Obnova notranjosti cerkve Marije Magdalene je potekala leta 1927, istega leta pa je bila ustanovljena prva telo, je bil drugi dodali leta 1986.