Starodavna legenda pravi, da je leta 1364 litovščina plemič imenovan Goshtautas povabljeni na 14 frančiškanskih menihov in jih dal domov, tako da bi se lahko naselijo v državi. Ko Goshtautasa zapustil, je bilo ubitih vsi menihi. Nekaj ​​časa kasneje je plemič Povabi frančiškani. Nove menihi se je naselil v drugem kraju, in mesto umorjenih menihov, je zgradil cerkev, imenovan v čast Svetega Križa.

Leta 1524 je cerkev pogorela. Leta 1635 na tem mestu naselili duhovniki Bonifratrzy. Začeli so s svojim delom, zgradili novo cerkev Svetega Križa, ki temelji v bližini samostana z istim imenom in odprli na samostanski bolnišnici. Kasneje je bolnišnica postala zatočišče za duševno bolne. Goshtautasa Katoliška cerkev pa je bil dodeljen s samostanskih prostorov. Psihiatrična bolnišnica delovala tukaj do leta 1903, ko se je preselil v novo stavbo zgrajeno posebej za psihiatrično bolnišnico.

Leta 1737 je bila cerkev spet zažgal. Leta 1748 je bila cerkev prenovljena, notranjost je bil popolnoma popravljen, šest oltarji so bili narejeni in nameščeni Department Kost'ol'na je bila zgrajena v baročnem slogu. Samo urejena baročno fasado in gradnjo samostana. Čeprav po obnovo zunanjosti stavbe in obstajajo elementi rokokoja. Znotraj templja stoji veličastno preko prostorne sobe kamnitih križnih obokov. Zanimiva kombinacija arhitekturnih elementov baroka, rokokoja in neo-rokoko.

V templju je vir, ki se šteje za čudežno. Legende pravijo, da je vir nenadoma pojavil v bližini kip Brezmadežne. To je kraj, kjer so menihi mučili poginule frančiškane. Pravijo, da je še posebej koristno voda tega vira za bolnike, ki trpijo zaradi bolezni oči.

V cerkvi je tudi čudežna križ, ki je nameščen nad glavnim oltarjem. Pod križem je podoba Device Marije z detetom. Domnevam, da je slika naslikana v 17. stoletju, vendar zagotovo izvor slikarstva je znan. To je prav tako uvrstila med čudežnih stvaritev. Kopija čudežno slikarstva Blažene Device Marije z detetom, v obliki fresk je mogoče videti na glavni fasadi cerkve. To je v skladu z obokanim pediment, zgrajena leta 1737, med dvema stranskima stolpoma cerkve.

Med letoma 1914 in 1924 v cerkvi potekala posebno storitev za študente litovskih šol. V času, ko je bila Vilna okupirani s Poljsko, niso bile izvedene v službi templju v litovski yazyke.V Bonifratr 1843 reda je bila ukinjena, in namesto samostana je ostala le njihova zastopanost. Leta 1909 je bila cerkev spet popravi. Ob koncu prve svetovne vojne, leta 1924, je škof Jurģis Matulaitis Bonifratr vabljeni, da se vrnete v samostanu Svetega Križa. Vračilo menihi v samostanu je bil ravno ob pravem času. So popraviti cerkev, postavitev šest oltarje tam. So pripravili tudi v samostanu zavetišče za starejše in ljudsko kuhinjo za pomoči potrebnim "Karitas".

Ob začetku druge svetovne vojne, so bili bratje iz Vilna umaknjena Bonifratrzy Order. Leta 1947 je samostan zavetju sester kongregacije "Brezmadežnega spočetja Blažene Device Marije." Vendar pa so prevladujejo kratkotrajna. Sovjetske oblasti zaprta leta 1949, samostan in cerkev. Stavbe samostana so se nahajala stanovanjskih apartmajev.

Leta 1976 je bil tempelj obnovili in uredili v njem Vilnius filharmonični koncertna dvorana, tako imenovani "mali dvorani baroka." Bilo koncertov orgelske glasbe.

Vilnius nadškofija dobila nazaj svoje hiše šele po spremembi režima leta 1990. Templja in samostanske stavbe so bile obnovljene in prenese na novo posvečenih nune kongregacije sester "brezmadežnega spočetja Blažene Device Marije."