Pomorski muzej se nahaja v Minato Mirai, in je namenjena za pomorski zgodovini Japonske. To je bil odprt leta 1993. Glavni eksponat muzeja - jadrnice pomorsko usposabljanje Nippon Maru, ki se je začela leta 1930 in se zdaj nahaja ob vznožju stolpa Landmark Tower.

Muzej ima v lasti največji ladjar NYK Line, katerega zgodovina sega v leto 1870. Njegova trenutna flota obsega 776 plovil z uradi odprejo v 27 državah po vsem svetu, tudi v Rusiji. Podjetje je del Mitsubishi Group.

Muzej pripoveduje zgodovino Yokohama kot eno od pristanišč na Japonskem, ki se je v XIX stoletju so bili odprti za mednarodno trgovino. Menijo, da je bilo odprtje Japonske v tujino predvsem zaradi Commander Matthew Perry, politika in častnik mornariške sile v ZDA. Leta 1852-1854 let je uspešno potekala dva diplomatska predstavništva, kar je povzročilo v Združenih državah Amerike in Japonska podpisale konvencijo o Kanagawa z odvijanjem self-izolacijo vzhajajočega sonca. Odprave Perry je bila četrta in peta ZDA poskuša vzpostaviti trgovino in diplomatske odnose. Perry je bil ukazal uporabiti silo, če Japonska noče pogajati. Njegove ladje ustrelil v zrak in pustiti ven črn dim, tako da je japonski eskadriljo vzdevek "črno".

Muzej pripoveduje o tem, kako razviti svet in japonski ladjedelništvo od sredine XIX stoletja, sodobnih tehnologij v industriji in pomenu pristanišča Yokohama. Tukaj je velika zbirka modelov modernih in starodobnih ladij, zbirka knjig o ladjedelništvu.

Jadrnica Nippon Maru - štiri masted ladje 300 metrov. Tekom let je minilo, po ocenah, 1, 8 mio. Kilometrov in za plovilo za usposabljanje za pomorske storitve je pripravil približno 11, 5 tisoč ljudi. Začela se je v januarju 1930. Po drugi svetovni vojni je bila uporabljena za repatriacijo ljudi iz nekdanjih kolonij na Japonskem. Leta 1984 Nippon Maru končan storitve in je bila privezana ob vznožju stolpa Landmark.