Leta 1546 je bilo ustanovljeno mesto Arica na kraju, imenovanem El Chenchorro. Petdeset let kasneje je mesto opustošil potres in cunami, ki je prisilno prebivalce preseliti svoje domove v pristanišču pod zaščito Cape Morro, na mestu, kjer je sedaj.

Sedanja stavba katedrale Arica je bila zgrajena na ruševinah drugega templja v mestu, ki je bila zgrajena leta 1640. Po 200 letih delovne dobe, je bila ta cerkev potres uničil tudi leta 1868. Edina ohranjena kamnitih korake. Projekt nove cerkvene stavbe je bilo naloženo s Perujski predsednik Jose Balta v francoskem studiu Gustave Eiffel, in je bil prvotno namenjen za letovišču AnCon. Toda v letu 1875 je bilo odločeno, da se gradi v Arica. Eno leto kasneje, je bil tempelj organiziral prvo mašo.

V pacifiški vojni (1879-1883) se je začelo, da sodijo v mestu Arica v Čilu. Vendar do prihoda v dvajsetem stoletju, Arica ostala pod vodstvom škofije Arequipa, v skladu z odlokom Vatikana. Leta 1910, je župan mesta Arica, Maximo Lira, odredil izgon perujski duhovnika in njegovega pomočnika iz države. Ti so nadomestili čilski vojaških duhovnikov.

Leta 1911 je bila cerkev pritrjena na škofiji Tarapaca (zdaj - škofije Iquique). In leta 1959 je bil premeščen na rang katedrale. Z blagoslovom papeža Janeza Pavla II v letu 1986, je bila ustanovljena s strani škofije Arica do centra mesta, v katedrali svetega Marka v Arica.

Cerkev je relativno majhna, v gotskem slogu. Zasnova cerkve je v celoti izdelan iz kovine - tramovi, stebri, povezani s koničastimi oboki, razen za dva lesena vrata. Stolp templja se dviga proti nebu, daje lepoto in veličino stavbe, ki je okrepljeno z okoliško pokrajino: Plaza de Colón, Cape Morro de Arica, pristanišče, pristanišča in brezmejno morje.

Leta 1984 je stavba katedrale razglašen za nacionalni spomenik Čile. In v letu 2002 - zgodovinski spomenik Arica.