Zgodovina muzej Aquitaine v Bordeauxu je štetje v drugi polovici XVIII stoletja - od trenutka, ko je Akademija Bordeaux je bila ustanovljena Stone Sculpture muzej, v katerem so nameščeni ostanke rimske dediščine. Med izkopavanjem delo v urbanih območjih, ki so redno potekale v intervalu od XVI do XVIII stoletja so bile te artefakte.

Leta 1963 se je zavod preimenoval v Muzej zgodovine, arheologije in etnografije, in postal znan kot "muzej Aquitaine." Leta 1987 se je muzej preselil v stavbo nekdanje Fakultete za znanosti in umetnosti, ki je bila zgrajena v poznih XIX stoletja na mestu samostana, ki je znan kot grobišče pisatelj in filozof Michel de Montaigne. Aquitaine muzej, ki se nahaja v bližini katedrale sv Andreja.

Leta 2009 je muzej odprl nove prostore, namenjene za tako kompleksno temo, v zgodovini francoskega kolonialnega suženjstva in trgovine z ljudmi. Bordeaux, Nantes je drugi po pristanišču, skozi katere Evropa prišla črne sužnje. Samo Bordeaux je bila dostavljena približno 130.000 sužnjev. Muzej prikazuje dokumentov in drugih eksponatov, pripoveduje o življenjskih in delovnih pogojev sužnjev, kazen za izgrede in pobegov.

Trenutno je muzej površina je več kot 5000 kvadratnih metrov. m in zbirka artefaktov ima približno 70 tisoč predmetov. Vsi ti predmeti, dokumenti in umetniška dela predstavljajo zgodovino zgodovinskega regiji Aquitaine in njenega glavnega mesta Bordeaux. Najstarejše eksponati segajo v prazgodovinski zbirki dobe, mnogi od eksponatov so pričevanja različnih starosti - Roman, zgodnje krščanske, srednjeveških. Tudi v muzeju si lahko ogledate razstavo, posvečeno pomorski zgodovini Bordeauxu, umetnost ljudstev Afrike in Oceanije.