Samostan je bil ustanovljen dno Maura Dias 1280 za nune klarissok. Samostan ni trajalo dolgo, in leta 1311 je prenehala obstajati. Leta 1316 je žena kralja Dinis I, kraljica Isabella Portugalske, obnovljenem samostanu.

Kraljica Isabella Portugalske imenovana tudi "Kraljica" zaradi njenega izjemnega pobožnosti in pravičnosti. Kraljica je tudi znan po svojem dobrem značaju temelji bolnišnice, sirotišnice in šole. Po smrti svojega moža, kralja Dinis, je umaknil v samostan. In leta 1336 je kraljica je umrl in bil pokopan v samostanu v grobu, okrašena v gotskem slogu. Leta 1626 je bila kraljica Isabella razglasili za svojo dobrodelnost in dobrimi dejanji.

Prvi arhitekt samostana je bil Domingos Domingues, znan po svojem delu na galerije samostana Alcobaça. Je nadaljeval delo tega arhitekta Estêvão Domingues, ki je bil znan po svojem delu na katedralo galerije v Lizboni. Leta 1330 je bila zgrajena posvetitev templja, in kasneje na južni strani cerkve je samostan. Samostan je zelo pogosto predstavljen denarne donacije in darila. Na začetku XVI stoletju, je bila cerkev okrašena z Sevillian ploščice in vgrajenih novih oltarjev.

Ker je bila samostan in cerkev, zgrajena na levem bregu reke Mondego, nato pa je bil leto kasneje je stavba poplavljenih preko bregov reke voda. In stoletja je samostan poplavljena večkrat. Zaradi pogostih poplav v samostanu ni bilo mogoče, da bi, in King John IV odredil, da zapustijo stavbo in premakniti na nov samostan - samostan Santa Clara-a-Nova, zgrajena na hribu nedaleč od starega objekta. Grobnica z ostanki kraljice Izabele in drugih kraljevih osebe so bile prenesene na novo stavbo.

Sčasoma, stari samostan v ruševinah. Leta 1910 je bila stavba naveden kot spomenik državnega pomena, in nekateri Obnovitvena dela so bila izvedena v prvi polovici dvajsetega stoletja.