Leta 1647 je bilo mesto Eisenstadt pod vladavino knežje hiše Esterhazy, ki je imel velik vpliv na mestu in je pripeljala do pozitivnih sprememb. Leta 1648, z odlokom cesarja Ferdinanda III Eisenstadt postal svobodno mesto, obdavčeno plača v višini 16.000 goldinarjev in 3.000 sodčkov vina. Leta 1670 Paul I dovoli, da se naselijo v Eisenstadt in šestih okoliških naselij 3.000 Judov, ki so bili izgnani iz Dunaja. Rabin mesta je bil Vertaymer Samson, ki je bil tudi sam pokopan v starem judovskem pokopališču.

Zato je bilo potrebno na pokopališču. Torej je bila stara judovsko pokopališče v 17. stoletju, v bližini judovske četrti. Staro pokopališče je deloval od 1679 do 1875 let in zaposluje približno 1140 nagrobnike s samo hebrejskih napisov. Zaradi omejenega prostora, ob starem pokopališču je bila ustanovljena nova. Novo pokopališče je bil v uporabi od leta 1875.

Med nacistično okupacijo, sta bili obe pokopališča delno uničena, in nagrobniki so bili uporabljeni za izgradnjo pregrade okoli mesta. Po letu 1945 je bilo pokopališče obnovljena, in spomeniki so bili vzpostavljeni. Leta 1992 se je pojavila nova pokopališče vandalizmu: približno 80 nagrobni bile oskrunjene nacističnih simbolov.

Pokopališče Eisenstadt je drugačen od drugih starodavnih judovskih pokopališč pomanjkanje vegetacije. Vendar pa je zelo podoben po obliki in izgled z Dunajsko pokopališču. To je posledica dejstva, da so bili prvi naseljenci dunajski emigrantov. Pred vhodom v starem pokopališču je bila narejena s pomočjo lepih polkrožnimi kovinskimi vrati, vendar sedaj niso bile ohranjene. Oba pokopališča so odprti za javnost.