Heraklion je bila zgrajena z Arabci v IX stoletju. Potem je poklical Handakas. V srednjem veku so Benečani obdano z mestnim obzidjem, v dolžini 5 km. Na majhnem trgu v centru je lep marmor vodnjak, poimenovana po beneški general Morosini. Preživela tudi nekaj beneških hiš.

Ponos mesta je bogat arheološki muzej. Tu so vsi najpomembnejši artefakte za kulturo minojske: keramika, kamen carving, izklesan tiskanje, kiparstvo, zlati nakit, kovinski izdelki, lepe freske iz palač in dvorcev v bogato in edinstveno kamniti sarkofag Agia Triada.

Zgodovinski muzej mesta predstavlja eksponatov bizantinskega, beneškega in turškega obdobja in zgodovinskih dokumentov iz sodobne zgodovine na Kreti. Tu so tudi lokalne narodne noše, tkani izdelki, les carving, vezenine in drugimi predmeti dekorativne umetnosti.