Cerkev Santa Cruz je bila zgrajena z jezuitskih menihi leta 1608 kot župnijski cerkvi za kitajske priseljence v Manili, mnoge od katerih so sprejele krščansko vero. Ko so jezuiti izgnani iz Filipinov, je cerkev postala last dominikanski menih. Cerkev je bila skoraj dvakrat uničil močan potres in hudo poškodovanih v znameniti bitki pri Manili v februarju 1945, ki je pomenil konec skoraj treh letih japonsko okupacijo mesta.

Ko je bil leta 1571 razglašen za prestolnico Manila filipinskega arhipelaga, je postalo preoblikoval v podobi srednjeveškega evropsko mesto s cerkvami, palačami in mestno hišo, zgrajenih v stilu španskega baroka. Sedanja stavba cerkve Santa Cruz, obnovljena leta 1957, obnovljena v svoji izvirni obliki. Vendar pa je mogoče videti sledovi stolpa je značilno azijskih arhitekturo. Oltar cerkve na prvi pogled zdi malo podcenjeni, vendar je oblikovanje luči popolnoma.

Cerkev Santa Cruz se nahaja na Plaza Lacson (prej Gojty Area), v neposredni bližini znamenitega Fontana Karredo, zgrajena leta 1882 v čast "največjega dobrotnika Filipinov" Francisco Karredo kdo podaril 10 tisoč pesov za gradnjo prve vodovodnega sistema v Manili.