Prva univerza v Pecs pojavila v 1367 kot eden najstarejših v Srednji Evropi kralja Ludvika Velikega, je šla pod času turške okupacije. Leta 1921 nekdanji univerzi madžarskega v Bratislavi (to Bratislava, madžarsko. Pozsony) preselil v Pécs, Janus Pannonius je rezultatom1982 University (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Prva univerza je bila ustanovljena leta Pécs Louis I Madžarske v 1367. Ker je obstajala kot enoten izobraževalnega centra za več desetletij, v sredini 15. stoletja je bilo razdeljeno na dve šoli - pravo in teologijo. V času turške okupacije univerze je bil zaprt in odprt šele leta 1785, ko je Jožef II utemeljil Royal Academy of Gyor, Pecs. Leta 1802 je Royal Academy prišel v Gyor o naročilu Francis I, in visokošolski zavodi v Peći ni bilo do leta 1833, ko je škof Pécs pod okriljem mestnega senata ustanovljeno leta Pec akademiji s fakultetami prava in filozofije.

  Modern University of Pécs je bila ustanovljena leta 1912 in je prvotno nahaja v Pozsony (sedaj Bratislava). Po svetu je bilo vojne Pozsony aneksirovan iz Madžarske, in leta 1921 preselil na univerzi v Pecsu, kjer je še danes. Leta 1951 je Medicinska fakulteta Univerze je bilo ločiti, in do leta 2000 je bila samostojna institucija. Leta 1982 je bila univerza dobila ime po Janus Pannonius. To University of Pécs je bila ustanovljena 1. januarja 2000 z združitvijo Janus Pannonius University, University of Medicine in Teachers College.