Univerza v Zagrebu, je najstarejši, ne le na Hrvaškem, ampak tudi v jugovzhodni Evropi. Datum njene uradne ustanovitve se šteje 23. september 1669, ko je rimski cesar in madžarsko-hrvaški kralj Leopold I. izdal zakon, ki priznava privilegije in status univerzitetnih izobraževalnih institucij nekdanji jezuitski akademiji, ki so delovale na ozemlju svobodnega kraljevega mesta Zagreba, nekdanji prestolnici Kraljevine Hrvaške in Slavonije. Ta datum je začetek zgodovine na Univerzi v Zagrebu v njihovem boju za uresničevanje pravic, prejetih in pridobiti vreden mesto med avtoritativen in predstavnika univerz in akademij v srednji Evropi.

Zgodovina Univerze v Zagrebu v svoji sodobni obliki se začne s pobudo dzhyakovskogo škofa in pomembnega mecena hrvaške Josip Juraj Strossmayer, ko je leta 1861 predlagal, naj organizira univerza štiri fakultete: zdravstvene, teološke, filozofske in pravne. Ta predlog se je štela za več let, in leta 1874 je hrvaški parlament sprejel pobudo in izdal odlok "Na univerzi." V istem letu je univerza spremenila ime in postala znana kot moderni univerzi v Zagrebu.

Od leta 1990 je univerza prejela večjo avtonomijo, hkrati začela pristop k bolonjskega procesa.