Stavba, ki domuje muzej sakralne umetnosti, je bila zgrajena med letoma 1537 in 1538 na leto na temelju palače Inca Roca, en blok iz Plaza de Armas v Cusco.

V času inkovskega imperija (Quechua Tahuantinsuyo - največji indijski narod v Južni Ameriki stoletjih XI-XVI) v tem mestu je bil Palace inkovskega Roca, kjer je živel Khatun Rumiyok vladarja in njegovo družino, in je bila s sedežem v Indijskem bratovščine Panaca. Sedaj lahko vidite v središču kamnite stene poligona bloka muzejske stavbe - znameniti kamen dvanajst kotov, ki je bila uporabljena pri izgradnji njihovih objektov Inca Indians.

To kraljevsko palačo živel prvi škof v Peruju Fray Vicente de Valverde, njegova škofija raztegne iz Nikaragve v Tierra del Fuego, od Pacifika do Atlantika. Nato je postal last Costa in Pablo Gallineto, Marquis San Juan Buena Vista, katere ostanke so pokopali v kripti cerkve Santo Domingo de Cuzco. Kasneje je stavba prešla v last družine in Contreras Kharaba, platnene strehe Rokafuerte ki so bili patroni lokalnih umetnikov. Leta 1948, Monsignor Felipe Santiago Hermosa in Sarmiento, prvi nadškof Cuzco, kupila palačo na račun škofije. Leta 1957, po rekonstrukciji, stavba postala palača nadškof Cuzco, monsignorja Carlos Maria Jurgens.

Leta 1966 je nadškof Cuzco, monsinjor Ricardo Durand Flores prve korake za preoblikovanje palačo v muzej sakralne umetnosti, ki je bil odprt leta 1969 s podporo Don Jose Orihuela Yabara. "Sklad Jose Orihuela Yabara" prešla v lastništvo muzejske zbirke 169 slik in slonovino razpelo, pohištva in slik visoke umetniške vrednosti. Tam je prevzel tudi pozlačeni baročni oltar, ki je bil nameščen v kapeli nadškofa palače.

Muzejska zbirka je sestavljen predvsem iz verskih umetniških slik Cusco šole. Prav tako lahko ocenimo klasično arhitekturo kolonialne dobe stavbe, sprehod skozi njeno dvorišče obdano z arkadami in okrašena z mozaiki ploščice prinesli iz Seville. V muzeju si lahko ogledate dela Juan Marcos Zapata in drugih slikarjev kolonialne dobe, kakor tudi slike, ki jih lokalni umetnik Diego Quispe Tita. Treba je vzeti čas, da vpogleda v kapelo, okrašena v različnih stilov in dvorane palače z neverjetno preprogo.